소득공제와 세액공제의 차이점을 알려면 세금이 산출되는 과정을 보면 된다. 다음의 그림에서 보듯이, 소득세는 과세표준에 세율을 곱하는 방식으로 산출한다. 과세표준은 소득 금액에서 소득공제 금액을 뺀 것이다. 따라서 소득공제를 많이 받으면 과세표준이 낮아지고 덩달아 세 부담도 줄어든다.
소득세를 산출할 때는 누진세율(6~45%, 지방소득세 별도)을 적용한다. 과세표준이 높을수록 높은 세율을 적용받기 때문에, 소득공제 금액이 같더라도 높은 세율을 적용받는 고소득자가 세금을 더 많이 돌려받는다. 연금과 관련해서는 납세자가 국민연금 등 공적연금에 납부한 보험료와 (구)개인연금저축에 납입한 금액의 40% (연간 최대 72만 원)가 소득공제 대상이다.
예전에는 연금저축과 퇴직연금(DC형, IRP)에 추가 납입한 금액에도소득공제 혜택을 주었다. 하지만 소득공제 제도가 고소득자에게 상대적으로 더 많은 혜택을 준다는 지적이 있어 세액공제로 바꿨다.
세액공제란 이미 산출된 세금에서 일정 금액을 빼주기 때문에 누진세율의 영향을 받지않는다. 오히려 연금저축과 IRP와 같은 연금계좌에서는 저소득자에게 더많은 혜택을 주기 위해 소득 크기에 따라 세액공제율을 달리 적용하고 있다. 종합소득이 4,500만 원(근로소득 이외 다른 소득이 없는 경우는 총급여5,500만 원) 이하면 세액공제 대상 저축 금액의 16.5%, 이보다 소득이 많으면 13.2%에 해당하는 세금을 환급받는다.